Den Bildern nach dürfte hier schon mal was gemacht worden sein (Sprühnebel, Rostschutzfarbe, etc). Erfreulich ist es aber, dass du da anscheinend einen Zugang für Arbeiten hast.
Billigste Variante: Von innen Owatrolöl anbringen (2 Schichten) und anschließend mit Owatrol CIP überlackieren (Außenseite Abkleben). Danach 2K Epoxy Knetmasse aufbringen und zurecht schleifen. Von außen dann leicht mit weißer Farbe (zB nach einem Anschliff mit Kunstharzfarbe drüberhauchen oder pinseln). Hält locker 2-3 Jahre bei Alltagsnutzung.
Teuerste Variante: Bleche heraustrennen, anfertigen, schweißen und somit neue Schwachstellen einbauen. Anschließend natürlich teillackieren.
Beste Variante: Kofferraumdeckel ausbauen, das von @Nichtschwimmer schon angesprochene Deox-Gel anbringen und mit Frischhaltefolie überziehen (mehrmalige Anwendung nach Anleitung notwendig), bis kein Rost mehr vorhanden ist. Danach unbedingt von dem gelblichen Schimmer nach Trocknung befreien (mache es immer mit einer Nylonbürste auf dem Dremel), entfetten und auch die Aussenstelle vom Lack in dieser Sicke befreien (bis zum gesunden Blech + 1 cm Überhang). Mit der 2k Epoxy-Knetmasse kannst du dann erstmal die sicher zahlreichen Poren auffüllen und diese rostfreien Löcher als eine Art Gitter verwenden, worauf die Knetmasse dann bombenfest hält. Außen sowie innen schleifen, entfetten (nach-)modellieren mit Schwemmzinersatz (besteht idR ebenfalls aus 2k Epoxidharz) oder direkt Epoxyspachtel ausbesseren sowie wieder dann schleifen, entfetten und mit 2k-Epoxygrund grundieren. Anschließend weißem Acryllack drüberhauchen. Es könnte wie Original aussehen, aber erfordert halt einen gewissen Fleiß von dir. Wenn du das ordentlich gemacht hast, rostet da auch nichts mehr. Innen würde ich dann die Stellen auch lackieren, also entfetten, 2K Epoxygrund, End-Lack deiner Wahl (zB 9045 Schwarz).
LG Nico